Para Galeno las enfermedades eran fruto del desequilibrio humoral. Toda pérdida era perniciosa ya fuera de sangre, bilis, orina, o semen, Galeno confunde el pus que observó en la gonorrea con semen .Pero estaba mas preocupado por la acumulación de semen, que era considerada más peligrosa que su perdida. Los médicos medievales siguieron estas teorías y no consideraron a la masturbación como dañina, aunque la iglesia discutía en el medioevo sobre cuál había sido el pecado de Onan, si el coitus interruptus o la masturbación, pero como las escrituras no son claras, por las dudas, condenaban a ambas. 

La confusión entre el semen y el pus de la gonorrea continuaba, ya que no existían microscopios, se empiezan a describir los casos terminales de gonorrea que la pérdida de semen (gonorrea o masturbación) originaba. En este clima de ignorancia total sobre el origen de las enfermedades, la medicina aplicaba los mismos tratamientos a todas las enfermedades, purgas, sangrías, ventosas. 

En 1710? Se publica "Onania o el espantoso pecado de la autopolución..." que fue un panfleto anónimo que publicitaba un tónico que curaba diversas enfermedades causadas por la masturbación, la cura era la abstinencia y el tónico. En 1750 este panfleto se había transformado en un grueso volumen con testimonios de "curados" que se tradujo y circulaba por Europa. 

En 1776 Tissot publica el " El Onanista: Tratado de las Enfermedades producidas por el Onanismo" donde liga una antigua teoría de la conservación del semen con la teoría de la degeneración considerando las poluciones nocturnas como una enfermedad llamada espermatorrea. 

Desde 1776 la masturbación fue una enfermedad para la medicina. Rousseau influyó poderosamente en la sociedad de la época con la publicación de "Emile" donde aconseja vigilar a los alumnos para protegerlos de la masturbación, a lo que considera un peligroso sustituto. Estas ideas tuvieron gran influencia en Tissot, que consideraba que pensaban igual en este punto. La onanofobia se fue extendiendo de la mano de Tissot y Rousseau. Los tratamientos para esta enfermedad incluían medicación, circuncisión, clitoriidectomía, se diseñaron jaulas genitales, anillos peneanos, chalecos de fuerza, internaciones en institutos psiquiátricos, aplicación de cáusticos y sanguijuelas en los genitales. Existía la presunción generalizada de que la pérdida de semen amenazaba al sistema nervioso. 

La única actividad sexual aceptable era la que conducía a la procreación; el sexo reproductivo era lo único válido, era en lo único que se podía gastar el precioso semen. 

En un asilo de lunáticos de Massachussets en 1848 se consigna que el 32% de los ingresos son por onanismo. En el siglo 18 la masturbación se convirtió en una manía médica, el médico estadounidense John Kellog inventó los copos de maíz y los publicitó como un alimento antimasturbatorio, al igual que Graham, quien crea galletas integrales que aplacan los apetitos carnales. Kellog recomendaba la circuncisión sin anestesia, para que el dolor templara el carácter del masturbador, para las mujeres recomendaba la aplicación de ácido carbólico puro sobre el clítoris. En 1894 Block consideraba a la masturbación femenina como una lepra moral. En 1896 Freud señalaba al onanismo inmoderado como el causante de la neurastenia, también la considera la adicción primaria 

En 1910 en un congreso sobre masturbación solo logran ponerse de acuerdo en la importancia de la fantasía en la masturbación, y en la existencia de un sentimiento de culpa asociado al que no encuentran origen, no logran ponerse de acuerdo sobre si la masturbación es o no dañina para la salud, ni cual sería el mecanismo de acción. Los médicos habían entronizado a la masturbación como el vicio secreto, causa de todos los males, pero la ciencia médica, con avances como la microscopía, empezaba a dudar de este rol. La actitud victoriana de silencio sobre la sexualidad empieza a romperse. 

Pero en 1927 el manual del boy scout describe al que se masturba como: músculos fláccidos, espalda débil, ojos hundidos y sin brillo, manos húmedas, mirada huidiza, debilidad, fallas en la memoria y en la capacidad de pensar. La misma opinión tenían los médicos. Mas tarde empiezan a considerar a la masturbación como manifestación de ciertas patologías, mas que como la causa de enfermedades. 

A partir del informe Kinsey de 1950 se descubre la masividad de la práctica, con evidencias estadísticas, posiblemente hasta ese momento los médicos creyeron que era una práctica muy poco difundida, pero desde este punto se empiezan a replantear el tema y en 1972 la American Medical Association declara que la masturbación es normal. Para la medicina fue una enfermedad durante 198 años. 

En esta época de liberación sexual de los años '70 Betty Dodson , representante de movimientos feministas que ensalzan la masturbación, dirigió un taller de aprendizaje de masturbación para mujeres, publicó "Liberando a la masturbación" y considera a la masturbación como una forma primaria de expresión sexual, talleres similares se repitieron en Inglaterra. Dentro de la ciencia médica es revalorizada como herramienta terapéutica por Masters y Jonhson al crear las terapias sexuales. 

Se la emplea en el tratamiento de eyaculación precoz, eyaculación retardada y anorgasmia hasta la actualidad. La epidemia del SIDA y el incremento de los embarazos adolescentes llevaron a la ministro de salud de Estados Unidos, Jorcelyn Elders, a proponer una actitud de enseñanza de la falta de riesgos de la masturbación como promoción de una práctica de sexo seguro. La ministro tuvo que entregar su renuncia ya que no fue bien recibida esta sugerencia. En una entrevista reflexiona: "La masturbación es parte de la sexualidad humana, y es parte de algo que quizás debiera ser enseñado; pero aun no hemos enseñado a nuestros niños ni siquiera lo básico y yo siento que hemos probado con la ignorancia durante mucho tiempo y que ya es hora de que probemos con la educación.