Era el mayor de cinco niños y desde su infancia fue físicamente muy débil: era bajo de estatura, de peso y siempre estuvo afectado de asma bronquial. 

No comenzó su educación hasta los seis años en su hogar, y asistió a la escuela a partir de los diez. No obstante logró ingresar en la hermandad de estudiantes Phi Beta Kappa del seminario para protestantes de Harvard en 1852, graduándose en octavo lugar en una clase de 89 alumnos.

Durante esa época de Harvard estudió bajo la tutela del renombrado escritor Henry Wadsworth Longfellow  con la intención de un día hacerse poeta  

En su juventud, fue rechazado hasta tres veces por el Ejército debido a su asma, miopía y su escasa estatura. Sus intereses lo llevaron hacia la enseñanza además de hacerse  un corresponsal de un periódico de Boston y  periódicos de Nueva York.

Su formación religiosa fue orientando sus intereses hacia el ministerio eclesiástico, cuando se trasladó a París. En 1864, regresó a América y se hizo Ministro de la Iglesia unitaria de Brewster, Massachussets, organizando actividades con colectivos juveniles. En esa época fue acusado de mantener relaciones con jóvenes de esos grupos, confesando dos adolescentes (Thomas S. Crocker y John Clark) acerca de tales hechos.

Una vez reconocidos tales hechos ante la junta eclesiástica de su congregación, fue retirado del púlpito y de toda actividad pastoral, lo que le condicionó a trasladarse a Nueva York, pasando a trabajar en el área de servicios sociales, donde tomo contacto con la realidad miserable de muchas familias y gentes sin hogar.  Asimismo, ya instalado "adoptó" informalmente a algunos jóvenes a quienes cobijó, dio educación y seguramente mantuvo relaciones sentimentales en diferentes etapas.

Escribió 537 obras, entre  cuentos (incluyendo los títulos con variaciones) y  118 novelas publicadas), 94 poemas, y 27 artículos.  Fue por todo ello uno de los escritores de mas éxito, al nivel de Mark Twain o Samuel  Clemens, llegando a vender mas de 400 millones de ejemplares.

 Sus héroes jóvenes tienen éxito a través de una mezcla del valor y   suerte. Tienen suerte, en parte, porque se lo merecen, pero sobre todo aparece una exaltación del esfuerzo y la lucha por salir adelante ante las adversidades. Un héroe en particular podría aparecer en algunos libros, por ej. "Dick andrajoso", pero los títulos  no tienen un estilo común de caracteres. Las historias de Alger salían en una gran variedad de formatos, incluyendo libros de tapa dura, publicaciones por entregas (revistas e trabajos de historia), y folletos. 

Alger  pasó a la historia  como el creador del espíritu de "Esfuércese y tenga éxito" o del "Todo es posible en América" que inspiraba que a niños trabajaran mucho y se esforzasen incansablemente  para conseguir "el sueño americano" a menudo. A través de la honestidad, el trabajo duro, y la determinación fuerte, el sueño americano estaba asequible a cualquiera dispuesto a sufrir por tal empresa.

En cada uno de sus libros, el tema era casi lo mismo. Se concentró en un niño adolescente joven, de una familia pobre y desfavorecida que superaría numerosos obstáculos  por el camino y triunfa para desarrollar su propio sueño americano  generalmente a pesar de todas las vicisitudes.

A pesar de su éxito  nunca se dedicó a la acumulación de riqueza, pues se hizo  filántropo trabajando para mejorar las condiciones de vida para huérfanos jóvenes sin hogar y fugitivos. Horatio Alger, Jr. centró sus tiempos libres en el ámbito educativo, abrió múltiples orfanatos,  centros de formación y dio clases particulares a escolares durante una buena parte de su  vida.  Su estudiante más famoso fue Benjamín Cardozo que pasó a ser un juez de la Corte Suprema.

Falleció el 19 de julio de 1899

Es probable que de haber vivido en épocas actuales, Horatio Alger hubiera sido uno de los fundadores de movimiento de liberación Gay en su país. Al fin y al cabo, con lucha y esfuerzo "todo es posible en América"

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