Nació en Camaguey, una pequeña localidad en la isla de Cuba. Sus padres, como la mayoria de los habitantes en aquella epoca, eran muy humildes. Sus inclinación es literarias tuvieron apoyo ni salida, y decidió estudiar medicina, aunque continuaba publicando artículos. 

Los escritos de Sarduy aportan interesantes elementos para la discusión sobre la homosexualidad y la identidad de género en el contexto de la literatura caribeña. 

Como otros intelectuales fuera de los círculos de habla inglesa, Sarduy profesó la teoría de desconfiar de las etiquetas y de las categorías.

Pasó la mayor parte de su vida profesional en Paris, y nunca "salió del armario", en coherencia con su teoría que le daba excusa para mantener si propia orientación en la privacidad. Como un homosexual en una nación donde los hombres que mostraban sus deseos eróticos eran encerrados en la cárcel, siempre estuvo preocupado por tales manifestaciones abiertas.

Siendo además mas o menos partidario del régimen de Castro, las cosas aun le resultaban mas complicadas. Era un partidario de la revolución, como muchos intelectuales de aquella época. Pero tan pronto como Castro alcanzó el poder, Sarduy abandonó la isla. 

En 1960 viaja a París con una beca que le ayudaría a especializarse en crítica de arte. 

Estuvo vinculado al circulo de pensadores y escritores estructuralistas de París, colaborando en la revista Te Quel y trabajó como lector en Editions du Seuil, y como libretista en la Radiotelevisión francesa. Su prosa y su poesía son experimentalistas, visuales, concretas.

En 1993 falleció tras complicaciones relacionadas con el SIDA.

 
Su primera novela Gestos (1963) ya anunciaba la ruptura que en lengua española iba suponer la segunda, De donde son los cantantes (1967), que es un divertido pastiche en el que se conjugan las tres culturas, la española, la africana y la china, que han conformado la vida en la Cuba actual. 

En Cobra (1972) investigó sobre la aproximación entre Oriente y Occidente, y el tema tuvo cierta continuidad en Maitreya (1978), su obra más celebrada, con una gran mezcla de barroquismo y humorismo que se articula en torno a las variaciones del buda futuro, entendido como un iluminado. 

Posteriormente publicó Colibrí (1984), un relato de huidas y venganzas, y Cocuyo (1990), quizá menos vanguardista y más transparente, aunque siempre dentro del mundo característico de Sarduy, que carece de cualquier inhibición. 

También es autor de libros de poemas como Big Bang (1974) y de ensayos, entre los que destacan Escrito sobre un cuerpo (1969) y Barroco (1974).